引起克罗恩病的病因之一，家族遗传引起。大量资料表明，克罗恩病与遗传因素有关。研究发现单卵发育的孪生子之间患克罗恩病的一致性比率明显升 高，为百分之六十七，而双合子的孪生子，其一致性比率仅为百分之八。同时发现克罗恩病患者与配偶之间表现为不一致性，且与普通人群无差别。引起克罗恩病的病因之二，易感性的改变引起。目前多数学者认为，克罗恩病的发生可能与机体对肠道内多种抗原刺激的免疫应答反应异常有关。越来越多的证据表 明，克罗恩病患者固有膜的t细胞激活增强，包括t细胞激活的表面标志表达增加，t细胞细胞活素生成增加，以及细胞毒t细胞功能增加。